自然人与药厂签订协议有效。因为个人可以与企业签订合同，他们之间签订的合同是有效的，所以自然人与药厂签订协议有效。但是，自然人需要取得药品经营许可才能进行药品区域代理，否则便不符合《药品管理法》的规定，不能够进行药品区域代理。协议是指当事人双方就某一事情、问题，经过协商后订立的一种具有经济关系或其他关系的契约。协议书与合同同属一大类的经济文书，都具有法律效力，联系也很密切。协议可以成为当事人订立某项合同愿望的草签意见，合同则是落实这意见的具体表现。