公元1276年（至元十三年），元朝政府将昆明千户所改为昆明县，隶属于中庆路。中庆路和云南行中书省的机构均住在昆明县城内。从此，昆明县城就成为云南的省会，全省的政治经济和文化中心，14世纪的著作《马可-波罗游记》曾经描述过它的繁荣景象。

在这部游记中，昆明县城被称为“鸭赤城”。明代，中庆路被改作云南府，昆明县为其属县之一。昆明县城既是云南府治城，同时又是省会。这种情况在以后的整个清代也没有变动。